检察院的自侦案件的批捕由谁决定

逮捕仍然是检察院批准。对于属于检察院管辖的刑事侦查案件，检察院内部的刑事侦查机构应按照《刑事诉讼法》中所对公安机关侦查刑事案件的相关规定执行，对于犯罪嫌疑人认为需要逮捕的，仍应报检察院内部的批捕科来要求批准逮捕，由检察院作出批准逮捕的决定后，再交由公安机关执行逮捕。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第八十条，逮捕的权限划分

逮捕犯罪嫌疑人、被告人，必须经过人民检察院批准或者人民法院决定，由公安机关执行。